根据第十一届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》（国发[2008]11号），设立环境保护部，为国务院组成部门。
一、职责调整
（一）将原国家环境保护总局的职责划入环境保护部。
（二）取消已由国务院公布取消的行政审批事项。
（三）将水污染物排放许可证审批和发放职责交给地方环境保护行政主管部门。
（四）将环境标志认证职责交给事业单位。
（五）加强环境政策、规划和重大问题的统筹协调职责。加强环境治理和对生态保护的指导、协调、监督的职责。加强落实国家减排目标、环境监管的职责。
二、主要职责
（一）负责建立健全环境保护基本制度。拟订并组织实施国家环境保护政策、规划，起草法律法规草案，制定部门规章。组织编制环境功能区划，组织制定各类环境保护标准、基准和技术规范，组织拟订并监督实施重点区域、流域污染防治规划和饮用水水源地环境保护规划，按国家要求会同有关部门拟订重点海域污染防治规划，参与制订国家主体功能区划。
（二）负责重大环境问题的统筹协调和监督管理。牵头协调重特大环境污染事故和生态破坏事件的调查处理，指导协调地方政府重特大突发环境事件的应急、预警工作，协调解决有关跨区域环境污染纠纷，统筹协调国家重点流域、区域、海域污染防治工作，指导、协调和监督海洋环境保护工作。
（三）承担落实国家减排目标的责任。组织制定主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并监督实施，提出实施总量控制的污染物名称和控制指标，督查、督办、核查各地污染物减排任务完成情况，实施环境保护目标责任制、总量减排考核并公布考核结果。
（四）负责提出环境保护领域固定资产投资规模和方向、国家财政性资金安排的意见，按国务院规定权限，审批、核准国家规划内和年度计划规模内固定资产投资项目，并配合有关部门做好组织实施和监督工作。参与指导和推动循环经济和环保产业发展，参与应对气候变化工作。
（五）承担从源头上预防、控制环境污染和环境破坏的责任。受国务院委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价，对涉及环境保护的法律法规草案提出有关环境影响方面的意见，按国家规定审批重大开发建设区域、项目环境影响评价文件。
（六）负责环境污染防治的监督管理。制定水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等的污染防治管理制度并组织实施，会同有关部门监督管理饮用水水源地环境保护工作，组织指导城镇和农村的环境综合整治工作。
（七）指导、协调、监督生态保护工作。拟订生态保护规划，组织评估生态环境质量状况，监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作，协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作。协调指导农村生态环境保护，监督生物技术环境安全，牵头生物物种（含遗传资源）工作，组织协调生物多样性保护。
（八）负责核安全和辐射安全的监督管理。拟订有关政策、规划、标准，参与核事故应急处理，负责辐射环境事故应急处理工作。监督管理核设施安全、放射源安全，监督管理核设施、核技术应用、电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治。对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理。
（九）负责环境监测和信息发布。制定环境监测制度和规范，组织实施环境质量监测和污染源监督性监测。组织对环境质量状况进行调查评估、预测预警，组织建设和管理国家环境监测网和全国环境信息网，建立和实行环境质量公告制度，统一发布国家环境综合性报告和重大环境信息。
（十）开展环境保护科技工作，组织环境保护重大科学研究和技术工程示范，推动环境技术管理体系建设。
（十一）开展环境保护国际合作交流，研究提出国际环境合作中有关问题的建议，组织协调有关环境保护国际条约的履约工作，参与处理涉外环境保护事务。
（十二）组织、指导和协调环境保护宣传教育工作，制定并组织实施环境保护宣传教育纲要，开展生态文明建设和环境友好型社会建设的有关宣传教育工作，推动社会公众和社会组织参与环境保护。
（十三）承办国务院交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，环境保护部设14个内设机构：
（一）办公厅。
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作。
（二）规划财务司。
组织编制环境功能区划、环境保护规划；协调、审核环境保护专项规划；承担机关、直属单位财务、国有资产管理、内部审计工作。
（三）政策法规司。
拟订环境保护政策；承担涉及环境保护的其他政策的制定工作；起草法律法规草案和规章；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作。
（四）行政体制与人事司。
承担机关和派出机构、直属单位的人事、机构编制工作；承担环境保护系统领导干部双重管理的有关工作；承担环境保护行政体制改革的有关工作。
（五）科技标准司。
承担环境保护科技工作；承担国家环境标准、环境基准和技术规范的拟订工作；参与指导和推动循环经济与环保产业发展。
（六）污染物排放总量控制司。
拟订主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作。
（七）环境影响评价司。
承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作。
（八）环境监测司。
组织开展环境监测；调查评估全国环境质量状况并进行预测预警；承担国家环境监测网和全国环境信息网的有关工作。
（九）污染防治司。
拟订和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治法规和规章；组织实施排污申报登记、跨省界河流断面水质考核等环境管理制度；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督。
（十）自然生态保护司（生物多样性保护办公室、国家生物安全管理办公室）。
组织编制生态保护规划；提出新建的各类国家级自然保护区审批建议，对国家级自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展全国生态状况评估；指导生态示范创建与生态农业建设；承担国家生物安全管理办公室的工作。
（十一）核安全管理司（辐射安全管理司）。
承担核安全、辐射安全、放射性废物管理工作，承担法律法规草案的起草工作，拟订有关政策；承担核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理；对核材料的管制和民用核安全设备的设计、制造、安装和无损检验活动实施监督管理；承担有关国际条约实施工作。
（十二）环境监察局。
监督环境保护规划、政策、法规、标准的执行；组织拟订重特大突发环境事件和生态破坏事件的应急预案，指导、协调调查处理工作；协调解决有关跨区域环境污染纠纷；组织实施建设项目环境保护“三同时”制度。
（十三）国际合作司。
研究提出国际环境合作中有关问题的建议；承办有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外的环境保护事务；承担与环境保护国际组织联系事务；承担外事工作。
（十四）宣传教育司。
研究拟订并组织实施环境保护宣传教育纲要；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；承担部新闻审核和发布。
机关党委　负责机关和在京派出机构、直属单位的党群工作。
四、人员编制
环境保护部机关行政编制为311名（含两委人员编制4名、援派机动编制3名、离退休干部工作人员编制3名）。其中：部长1名、副部长4名，司局级领导职数48名（含总工程师1名、核安全总工程师1名、机关党委专职副书记1名）。
五、其他事项
（一）环境保护部对外保留国家核安全局牌子。
（二）国家消耗臭氧层物质进出口管理办公室的牌子挂在环境保护部。
（三）水污染防治与水资源保护的职责分工。环境保护部对水环境质量和水污染防治负责，水利部对水资源保护负责。两部门要进一步加强协调与配合，建立部际协商机制，定期通报水污染防治与水资源保护有关情况，协商解决有关重大问题。环境保护部发布水环境信息，对信息的准确性、及时性负责。水利部发布水文水资源信息中涉及水环境质量的内容，应与环境保护部协商一致。
（四）环境保护部所属华北、华东、华南、西南、西北、东北区域环境督查中心，承担所辖区域内的环境保护督查工作；北方、东北、西北、上海、广东、四川核与辐射安全监督站，承担所辖区域内的核与辐射安全监督管理工作。
（五）所属事业单位的设置、职责和编制事项另行规定。
六、附则
本规定由中央机构编制委员会办公室负责解释，其调整由中央机构编制委员会办公室按规定程序办理。